Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) παραχωρεί δύο υποτροφίες αριστείας:
α) Υποτροφία αριστείας προς έναν απόφοιτο του Τμήματος Διοίκησης Επιχειρήσεων (Δ.Ε.Ο.) κάθε ακαδημαϊκό έτος, ο οποίος έχει επιτύχει βαθμό πτυχίου άνω των 8,50.
β) Υποτροφία αριστείας βάσει ακαδημαϊκών κριτηρίων προς έναν μεταπτυχιακό φοιτητή που έχει επιτύχει αριστεία στον Μέσο Όρο βαθμολογίας των μαθημάτων των δύο πρώτων εξαμήνων με βαθμό άνω των 8,50. Σε περίπτωση που περισσότεροι από ένας φοιτητές έχουν Μέσο Όρο βαθμολογίας άνω των 8,50, η υποτροφία απονέμεται στον φοιτητή με το υψηλότερο βαθμό.

Το Π.Μ.Σ. παραχωρεί Βραβείο Αριστείας και ηθικής επιβράβευσης στις δύο καλύτερες ερευνητικές Μεταπτυχιακές Διατριβές (Μ.Δ.Ε.) που έχουν αξιολογηθεί με βαθμό άριστα.